Las instituciones de educación superior han jugado un papel importante para hacer visible la desigualdad estructural entre mujeres y hombres e incorporar los temas de género en las agendas internacionales y nacionales. Desde la teorización feminista y de los estudios de género, mujeres intelectuales y académicas han desarrollado constructos teóricos que otorgan los elementos de análisis para hacer visibles las condiciones de subordinación femenina y han ofrecido las herramientas metodológicas para transformar las relaciones sociales en relaciones más igualitarias.
Sin embargo, a pesar de que la mayor parte de los avances en temas de género han salido de la producción académica de las universidades, no han sido estas instituciones las que han acogido la temática ni los procesos de institucionalización al interior de sus comunidades, sobre todo en el caso de México.
Los espacios de género en las universidades han sido el lugar más importante para la generación de un conocimiento crítico sobre las distintas formas de desigualdad social, pero hay que hacer notar que la construcción de estos espacios ha sido ardua, difícil y sometida a una serie de obstáculos institucionales que ponen de manifiesto las resistencias para incorporar esta perspectiva teórico-metodológica en las problemáticas sociales. Si comparamos la creación de otros espacios de investigación en las universidades en relación a los que abordan las temáticas de género, podremos notar con mucha facilidad que éstos últimos normalmente carecen de infraestructura y presupuestos adecuados, de plazas académicas y del estatus que tienen otros espacios académicos dentro de las IES.
La incorporación de las temáticas de género en los planes y programas de estudio del nivel superior también se ha enfrentado a grandes obstáculos de índole institucional. Son contadas las universidades y las carreras que contienen de manera formal una o más materias con perspectiva de género. Normalmente ha sucedido que profesoras con orientación feminista entretejen las temáticas de género con el contenido de la materia que imparten, para incorporar esta perspectiva en su ejercicio docente. Sin embargo, al no ser materias incorporadas en la estructura del plan de estudios, o sea, institucionalizadas, aparecen y desaparecen en función del interés del profesorado en transmitir estos conocimientos.
Las instituciones de educación superior han sufrido un proceso de feminización, y de manera muy importante, en la matrícula estudiantil, sin embargo, esta presencia de mujeres en las universidades no es sinónimo de equidad de género, ya que al interior de estas comunidades se presentan grandes desigualdades en las oportunidades que tienen unas y otros en sus trayectorias académicas, de estudio y laborales.
Para transformar las relaciones de género dentro de las universidades es necesario, en primer lugar, que estas instituciones reconozcan los obstáculos y desventajas a que se enfrentan las mujeres (académicas, trabajadoras y estudiantes), por ejemplo, en términos de promoción, evaluación, concursos, becas, obtención de grados académicos y publicaciones, a causa de factores como la desigualdad histórica, la doble jornada o los estereotipos de género, y reconozca también la consecuente discriminación —no necesariamente intencional— de que son objeto.
Las universidades deben tomar un papel activo para transformar las desigualdades de género mediante políticas institucionales y medidas puntuales, como lo están haciendo instituciones de educación superior en distintos países del mundo. Deben institucionalizar los estudios de género para producir un conocimiento crítico y de vanguardia ante diversas problemáticas sociales. Deben transversalizar la perspectiva de género en la currícula universitaria para formar a las y los jóvenes de las nuevas generaciones con un perfil más completo e integrado al incluir en sus conocimientos y futura práctica profesional, las herramientas de la perspectiva de género. Pero además de producir conocimiento y transmitirlo, las universidades deben realizar sus actividades (académicas y administrativas) en un ambiente de equidad entre los sexos para lo cual es necesario tomar otra serie de medidas que promuevan cambios positivos en las relaciones de género e impacten los procesos de transformación social.